Melacak jejak pemikiran dan karya UGM melalui pendekatan multidisiplin, Prof. Dr. M. Baiquni, MA mencetuskan Paradigma Archipelago pada pidato pengukuhan gurubesarnya tahun 2014.
Paradigma archipelago untuk memahami dan mewujudkan pengembangan wilayah kepulauan Indonesia yang bercirikan Bhinneka Tunggal Ika. Orientasi pengembangan wilayah kepulauan ini didasarkan pada pertimbangan berikut ini. Pertama, Indonesia merupakan negara kepulauan (archipelagic state) di wilayah tropis yang memiliki keragaman ekosistem alam dan budaya terbesar di dunia. Kedua, Kepulauan ini memiliki sejarah panjang, lebih seribu tahun silam pernah memiliki peradaban maritim yang terkenal seperti Sriwijaya dan peradaban agraris yang unggul di sekitar Borobudur dan Prambanan. Ketiga, Indonesia memiliki posisi geostrategi penting diantara silang Benua Asia dan Australia serta silang Samudera Hindia dan Pasifik. Keempat, Indonesia sedang mengalami transisi perkembangan pesat yang perlu dikawal agar mampu berdaulat secara politik, mandiri secara ekonomi, dan berkepribadian dalam budaya di tengah pergaulan bangsa-bangsa dunia. Kelima, saat ini Indonesia sedang melakukan estafet kepemimpinan baru yang diharapkan mampu melakukan transformasi pembangunan berkelanjutan menjadi bangsa yang EMAS; ekonomi maju, masyarakat adil, dan kehidupan sejahtera (Baiquni, 2014).