Sejarah berdirinya Pusat Penelitian dan Pengembangan Pariwisata UGM tidak lepas dari idealisme para pimpinan dan sivitas akademika UGM yaitu untuk meningkatkan relevansi disiplin ilmu serta membina dan meningkatkan kegiatan bersama disiplin ilmu yang dikembangkan di Universitas Gadjah Mada dengan pendekatan yang berorientasi pada problema melalui penelitian antar disiplin.
Puspar UGM pada awal kelahirannya bernama Pusat Penelitian dan Pengembangan Pariwisata UGM. Sejarah berdirinya lembaga ini tidak lepas dari idealisme para pimpinan dan sivitas akademika UGM pada dasawarsa 1970-an, yaitu untuk:
- meningkatkan relevansi disiplin ilmu bagi pemecahan masalah aktual yang dihadapi masyarakat dan negara;
- membina dan meningkatkan kegiatan bersama (concerted action) dari disiplin ilmu yang dikembangkan di UGM dengan pendekatan yang berorientasi pada problema melalui penelitian antar disiplin (problem oriented multi disciplinary research).
Penelitian dan pengembangan pariwisata selain melalui pusat studi, juga dikembangkan melalui pendidikan program studi diploma yang dimulai 1994 dikembangkan di Sekolah Vokasi, kemudian program master 2004 dan program doktor tahun 2005 dikembangkan melalui Sekolah Pascasarjana. Sedangkan program sarjana pariwisata baru dimulai tahun 2009 yang dikembangkan di Fakultas Ilmu Budaya. Keberadaan program studi pariwisata memberi ruang bagi peningkatan tenaga profesional pariwisata di Indonesia.
Kontribusi para peneliti dan dosen pariwisata berkembang dari masa ke masa. Pada tahun 1970-an ketika dilakukan perbaikan komplek can
di Prambanan dan Borobudur, para ahli arkeologi banyak berperan dalam pemugaran candi yang memiliki nilai sejarah dan budaya yang penting bagi bangsa dan bahkan dunia. Pada dekade 1980-an pariwisata menjadi salah satu penggerak perubahan pembangunan, komplek bangunan candi dibuka dan taman nasional dikelola untuk dikunjungi wisatawan domestik dan manca negara. Sejumlah destinasi pariwisata mulai berkembang menjadi ajang kegiatan rekreasi bagi keluarga, rombongan kantor dan sekolah hingga diminati wisatawan asing.
Seiring dengan kesadaran lingkungan dengan laporan Our Common Futures yang dikembangkan oleh the World Commission on Environment and Development (1987) yang memuat tentang definisi Pembangunan Berkelanjutan, maka pariwisata berkelanjutan juga mulai mengarah pada pelestarian lingkungan, pengembangan ekonomi dan kesejahteraan sosial masyarakat. Tema pariwisata, budaya dan lingkungan hidup banyak mewarnai perbincangan dikalangan peneliti Puspar UGM.
International Conference on Cultural Tourism tahun 1994 diselenggarakan dengan mengundang pembicara internasional termasuk mantan Sekjen PBB Javier Pérez de Cuéllar (1982-1991). Moeljarto Tjokrowinoto, Nasikun, Windu Nuryanti adalah jajaran penyelenggara perhelatan internasional pariwisata tersebut pada waktu itu di Yogyakarta. Sejak saat itu Puspar menjadi beranda ruang pertemuan para ahli dan peminat penelitian pariwisata di UGM dan sejumlah universitas lain.
Pariwisata Bahari menjadi perhatian Puspar ketika Danang Parikesit, Ika Putra dan Baiquni mengembangkan Parangrtitis dengan Participatory Planning (1999), kemudian Puspar menyusun Masterplan Wisata Bahari Indonesia (2001). Melalui serangkaian sarasehan di berbagai kancah budaya kemudian diterbitkan menjadi buku “Pembangunan Berwawasan Budaya” Hendri Adjie Kusworo dan Heddy Shri Ahimsa-Putra. Tema Pro Poor Tourism menjadi upaya Puspar untuk mengaitkan Pariwisata dan Kesejahteraan Masyarakat dikembangkan Djanianton Damanik dan Destha. Tema Pariwisata Alam Taman Nasional Pariwisata dikembangkan oleh Chafid Fandeli. Tema Disain Arsitektur Pariwisata banyak dikembangkan oleh Djoko Wiyono dan Yoyok W Subroto. Masih banyak peneliti yang berkarya bersama Puspar UGM.
22 April 2015 pada peringatan Hari Bumi, diselenggarakan sarasehan Desa Wisata Yogyakarta Istimewa di halaman rumput Sekolah Pascasarjana UGM. Pada waktu ini diluncurkan The STARS (Sustainable Tourism Action Research Society) yang merupakan jejaring masyarakat riset aksi untuk mengembangkan pariwisata berkelanjutan. Ini merupakan evolusi dari kajian seminar dan pengembangan kelembagaan melalui research school, menjadi gerakan yang luas lintas disiplin dan lintas pelaku pariwisata berkelanjutan.
Desa wisata menjadi salah satu cara kebangkitan kembali masyarakat desa yang semula masyarakat agraris berbasis pertanian, kemudian berkembang diversifikasi industri perdesaan, hingga kini beberapa memilih mengembangkan pariwisata sebagai cara untuk transformasi sosial dan budaya serta pelestarian lingkungan. Dalam era digital ini peran UGM terkait pariwisata berkelanjutan, menjadi salah satu MCSTO (Monitoring Center of Sustainable Tourism Observatory) yang merupakan kolaborasi antara Kementrian Pariwisata dan Pemerintah Daerah Kabupaten Sleman yang diakui UNWTO (United Nation World Tourism Organization). Wilayah kerja MCSTO UGM semakin luas dengan dukungan kemitraan berbagai pihak.